Um den Beteiligungsprozess zu strukturieren, wurden vier Arbeitskreise gebildet: Klimaschutz & Klimawandelanpassung, Fischerei, Daseinsvorsorge & Lebensqualität sowie Regionale Wertschöpfung.

Die Arbeitskreise bereiten die Ideen der Projektinitiatoren inhaltlich vor, führen eine qualitiative Bewertung durch und reichen diese dann zur finalen Entscheidung in den Vorstand weiter. Jeder Arbeitskreis hat eine/n Sprecher:in, die/der gemeinsam mit dem Regionalmanagement für die Organisation der Treffen und Bearbeitung der einzelnen Projekte zuständig ist.

Es besteht grundsätzlich die Möglichkeit, Projektgruppen auf Zeit ins Leben zu rufen, z. B. zur Entwicklung, Abstimmung und Umsetzung eines komplexen Projektes oder -bündels mit vielen zu koordinierenden Einzelmaßnahmen. In diesen Gruppen steht die projektbezogene Arbeit im Zentrum.

Jedem Arbeitskreis sind Kernthemen aus der Entwicklungsstrategie der AktivRegion zugeordnet.